لامپ میکروسکوپ خاری  در ساختار میکروسکوپ فلورسانس  یک ابزار قدرتمند علوم زیستی است که اجازه می دهد رنگ آمیزی خاص و حساس یک نمونه به منظور تشخیص توزیع پروتئین ها و یا سایر مولکول های مورد بررسی در آزمایش باشد  ، طیف متنوعی از تکنیک های رنگ آمیزی نمونه های بیولوژیکی فلورسنت وجود دارد.

بسیاری از لکه های فلورسنت برای تعدادی از مولکول های بیولوژیکی طراحی شده اند. برخی از این مولکول های کوچک هستن که به طور ذاتی فلورسنت می شوند . نمونه های عمده این لکه های اسید نوکلئیک مانند DAPI و Hoechst (با نور با طول موج UV  و DRAQ5 و DRAQ7  که به طور مطلوب با نور قرمز جذب می شوند)  همه گیرنده های جزئی DNA هستند و بنابراین تصاویر  هسته سلول را نشان می دهند. مواد شیمیایی یا سمومی هستند که با ساختارهای خاص سلولی مرتبط هستند و با فلورسنت ترکیب شده اند. یک مثال مهم از این دسته  رنگ فلورسنت، فالویدیین است که برای رنگ آمیزی الیاف اکتین در سلول های پستان استفاده می شود. بسیاری از مولکولهای فلورسنت به نام فلوروفورها یا فلوروکرومها مانند فلورسسین، الکسا فلورها یا DyLight 488 وجود دارد که می توانند به صورت شیمیایی به مولکول های مختلف متصل شوند.