پژوهشگران و محققان دانشگاه ها بیشتر اوقات از کمبود وسایل و تجهیزات آزمایشگاهی شاکی هستند، ولی مشکلات موجود برای نگهداری و استفاده صحیح از تجهیزات آزمایشگاهی در دانشگاه ها به مراتب بیشتر می باشد.

این قبیل مشکلات عوامل گوناگونی می تواند داشته باشد مانند:

• بی توجهی به نیازهای اساسی کشور هنگام خرید تجهیزات آزمایشگاهی سبب شده که برخی از تجهیزات خریداری شده سال ها بدون استفاده درون بسته بندی ها باقی بمانند و خدمات پس از فروش و گارانتی آن ها به اتمام برسد.
• برخی فرایندهای غلط هنگام خرید موجب شده تا شرکت های فرصت طلب تجهیزات آزمایشگاهی نامناسب را بدون هیچ گونه خدمات پس از فروش و گارانتی به مراکز علمی ارایه دهند. طوری که برخی تجهیزات آزمایشگاهی خریداری شده برای سال های طولانی نصب و راه اندازی نمی شوند یا لوازم جانبی آن ها با دستگاه اصلی هیچ تطابقی ندارد و مورد استفاده قرار نمی گیرد. مشکل اصلی این موارد قراردادهای غیرحرفه ای و نامناسبی بوده که مراکز علمی و پژوهشی با شرکت های نماینده فروش امضا می کنند. حتی در بیشتر موارد پیش فاکتور دستگاه به منظور قرار داد تلقی می شود.
• فراهم نشدن زیر ساخت های لازم و ضروری برای فعالیت تجهیزات آزمایشگاهی تهیه شده سبب می شود تا دستگاه آن طور که باید کار نکند. برای نمونه بسیاری از میکروسکوپ ها نسبت به لرزش حساس بوده و نیازمند برخی تمهیدات خاص مانند میز ضد لرزش می باشند. این گونه دستگاه معمولا در طبقات بالا قرار می گیرند که نتیجه خروجی آن ها خیلی قابل اعتماد نیستند. 
• مواردی که باید برای فعالیت بهتر دستگاه به آن ها توجه شود عبارتند از: تامین کردن مواد مصرفی مثل گازهای نیتروژن، هلیم مایع و هیدروژن خالص، قعطعات یدکی، برای دستگاه TEM تفنگ الکترونی، تجهیزات نمونه ساز، برای دستگاه SEM دستگاه پوشش دهی طلا، دستگاه التراسونیک، نمونه های استاندارد و مرجع CRM می باشد.
• مهم ترین و اساسی ترین عامل برای بهره گیری بهینه از تجهیزات و وسایل آزمایشگاهی نیروی انسانی است. اغلب نیروی انسانی در مراحل راه اندازی یک آزمایشگاه و همچنین دوره های فعالیت در آن مورد بی توجهی قرار می گیرد. سال ها تجربه و سرمایه گذاری نیاز است تا یک نیروی انسانی برای کار با یک دستگاه آزمایشگاه حرفه ای و کارآزموده شود. آموزش نامناسب نیروی انسانی موجب شده تا یکی از ضعف های مهم در آزمایشگاه های کشور همین نیروی انسانی غیرحرفه ای باشد.
• به دلیل نداشتن سرویس کاران حرفه ای و کارآمد بیشتر شرکت های نمایندگی فروش به تعهدات خود در خصوص خدمات پس از فروش عمل نمی کنند. اگر تجهیزات آزمایشگاهی به هر دلیلی از کار بیافتند، برای مدت طولانی از کار افتاده باقی می مانند و شرکت ها با بهانه های مختلف از جمله تحریم های موجود تعهدات خود را عملی نمی کنند. بیشتر مواقع به علت ضعف عملکرد نظارتی دستگاه های مسئول، پیگیری آزمایشگاه ها در این زمینه به نتیجه مثبت ختم نمی شود. تنها گزینه موجود سرمایه گذاری گزاف برای خرید یک دستگاه جدید بوده و این قضیه به طور پیوسته ادامه خواهد داشت.
• از دیگر مشکلات موجود در آزمایشگاه ها ضعف پشتیبانی مالی جهت تعمیر و نگهداری دستگاه ها و وسایل آزمایشگاهی است. معمولا مراکز علمی و پژوهشی همه تلاش خود را برای تهیه بهترین و پیشرفته ترین دستگاه ها در آزمایشگاه می کنند، اما در خصوص فعالیت دستگاه ها برای تعمیر و نگهداری آن ها بودجه خاصی را تامین نمی کنند. برای نمونه دستگاه آزمایشگاهی ده میلیاردی به خاطر نیاز به یک قطعه پنجاه میلیونی برای مدت های زیادی بدون استفاده باقی می ماند. در آزمایشگاه های مختلف کشور از این موارد بسیار به چشم می خورد. بنابراین توجه کردن به برخی از این موارد هنگام خرید تجهیزات آزمایشگاهی بسیار لازم و ضروری می باشد.